細胞分析系統是一種用于分析和處理細胞的工具。由于細胞結構復雜多變，因此需要借助精密的儀器來觀察和分析，以便深入了解細胞的功能和組成。系統可以對細胞的形態、生物化學特征、分子結構和功能進行分析，對生物學、醫學和藥物研發等領域都有重要的應用價值。
主要由顯微鏡、光源、圖像采集器、圖像處理軟件等組成：
顯微鏡是觀察細胞的核心部分，其種類包括光學顯微鏡、電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡等。光學顯微鏡是常用的種類，其可以放大細胞并進行觀察，同時也可以通過熒光顯微鏡實現對細胞內某些顏色物質的檢測和成像。
另一個重要的系統組件是光源，其可以提供不同波長的光線，以便對細胞的不同組成進行檢測。在熒光顯微鏡中，熒光染料被激發后會產生熒光信號，各種熒光染料可以用于不同類型的細胞成像，例如用于核酸(DNA / RNA)成像的DAPI、SYBR等，用于蛋白質成像的熒光標記(如GFP、RFP等)及用于細胞器成像的LysoTracker、MitoTracker等。
圖像采集器是細胞分析系統的重要部分，其負責轉換顯微鏡觀測到的圖像成為數字圖像，以便進行數字化處理。數字圖像可以快速地存儲、共享和分析，并且可以通過計算機軟件進行自動化分析和開發算法。
圖像處理軟件是進行圖像分析和處理的工具。對于復雜的圖像，需要進行智能的算法開發，以便實現對細胞的自動分析。圖像處理軟件可以提取有關細胞特征的多個參數，例如形態、大小、位置、顏色、亮度等，從而實現對細胞群的定量分析和比較，用以研究細胞功能的變化和響應。
細胞分析系統可用于細胞生物學、醫學和藥物研發等領域，例如細胞內生理學、分子生物學、病理學、藥理學和毒理學等。通過該系統，可以實現對細胞群中單個細胞的分析，為細胞研究者和相關領域在了解細胞的各種特征和生物學過程方面提供了非常有用的工具。
