很多初次使用移液器的人，總以為移液器的操作非常簡單，其實不然。移液器的操作是科學試驗的第一步，是一個非常基礎的試驗操作，但絕大多數人對移液器的操作都有偏見。其實移液器的操作學問很多。
一個完整的移液循環，包括吸頭安裝——容量設定——吸液放液——卸去吸頭等步驟。每一個步驟都有需要遵循的操作規范。
1、吸頭安裝
對于單道移液器，移液器末端垂直插入吸頭，輕壓左右微微轉動即可上緊;
對于多道移液器，移液器的第一道對準第一個吸頭，傾斜插入，前后稍許搖動上緊即可。
不可反復撞擊移液器來確保吸頭氣密性，長期以這種方式裝配吸頭，會導致移液器的零部件因強烈撞擊而松散，甚至會導致調節刻度的旋鈕卡住。
2、容量設定
從大體積調節至小體積時，逆時針旋轉至刻度即可;從小體積調節至大體積時，可先順時針調過設定體積，再回調至設定體積，可保證的精確度。
不可將調節旋鈕旋出量程范圍外，否則會損壞移液器內機械裝置。
3、吸液和放液
吸液移液器按鈕按至第一檔，釋放按鈕，進行吸液。切記不能過快，否則液體進入吸頭過快會導致液體倒吸入移液器內部。
放液 緊貼容器壁，先按到第一檔，略作停頓，再按至第二檔排除余液。
● 垂直吸液。
● 5ml和10ml的移液器，吸頭需浸入液面5mm，慢吸液體，達到預定體積后，在液面下停頓3秒，再離開液面。
● 吸液時緩慢松開控制器，否則液體進入吸頭過快會導致液體倒吸入移液器內部
● 吸取揮發液體時，需潤洗吸頭4-6次，讓套筒室內的蒸汽飽和，可以避免產生漏液。
4、移液器的正確放置
使用完畢，可以將其豎直掛在移液槍架上，但要小心別掉下來。當移液器槍頭里有液體時，切勿將移液器水平放置或倒置，以免液體倒流腐蝕活塞彈簧。
如不使用，要把移液槍的量程調至大值的刻度，使彈簧處于松弛狀態以保護彈簧。
5、常見的錯誤操作
1) 裝配吸頭時，反復撞擊吸頭，導致吸頭難以脫卸，甚至損壞移液器。
2) 吸液時，移液器傾斜，導致移液不準確，同時液體容易進入移液器套柄。
3) 吸液時拇指迅速放開，這樣會迫使液體形成湍流狀態，液體會直接沖到移液器內部。
4) 直接按到第二檔吸液(應該按照上述標準方法操作)。
5) 用大量程的移液器移取小體積樣品(應該選擇合適量程范圍的移液器)。
6) 平放帶有殘余液體吸頭的移液器(應將移液器掛在移液器架上)。
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