目前糧食污染主要有真菌污染、農藥污染以及重金屬污染：
1.真菌毒素污染。真菌廣泛存在于自然界中，如果糧食保存不善會生霉菌。同時糧食在生長過程中也可能因為梅雨天、蟲害等原因，產生多種霉菌病害。這些因素都會引起真菌毒素感染超標。
2.農藥污染。隨著高效、低毒、低殘留農藥的研制和一些高毒高殘留農藥禁止使用，農藥在糧食中的殘留問題也將得到改善，但由于有機氯類農藥的特點，今后一段時間內這類農藥的污染問題仍不可忽視。糧食在種植期間為了抑制蟲害，增加產量，不免會運用到農藥，但是很多個體農戶不了解農藥的使用標準、禁用范圍、用藥休藥期這些知識，就會出現亂用藥、超量用藥、重復用藥這些現象，隨之而來的就是農藥殘留的超標。
3.重金屬污染。礦產冶煉加工、化工、電鍍、電池、以及塑料等行業所排放的重金屬是造成土壤重金屬污染，同時煤炭燃燒時向空氣中排放大量的有害氣體，這些氣體經過沉降就會進入到土壤中，對土壤造成污染。還有化肥和農藥中含有較多的重金屬元素，而土壤自身的環境容量又相對較低，長期使用會積累超標含量的重金屬，進而使農產品受到污染，一旦食用就會對人體造成傷害。
隨著環保意識的提高及對環境污染的控制，重金屬污染問題雖然得到逐步改善，但在短時間內使糧食中的重金屬污染降至先進水平，還需進一步努力。
