氣相色譜儀使用久了，分流線內徑逐漸變小，甚至*堵塞。分流管堵塞后，儀器入口顯示壓力異常，峰形不佳，分析結果異常。在維修過程中，無論能否提前判斷分流管道是否堵塞，都需要對氣相色譜管線進行清洗。
當氣相色譜儀用于分析有機物和高分子化合物時，許多有機物的凝固點較低。在通過旁路管線從氣化室排出樣品的過程中，部分有機物在旁路管線中固化。氣相色譜儀長期使用后，分流管道內徑逐漸變小，甚至*堵塞。分流管堵塞后，儀器入口顯示壓力異常，峰形不佳，分析結果異常。在維修過程中，無論能否提前判斷分流管道是否堵塞，都需要對氣相色譜管線進行清洗。氣相色譜分析時，對氣化室的要求非常高。首先，載氣進入氣化室與樣品接觸前應充分預熱，溫度應接近氣化室的溫度。因此，一般將載氣管路沿加熱的汽化器金屬塊盤繞成螺旋管，或在金屬塊內鉆出足夠長的載氣通道，使載氣得到充分預熱。
一般用丙酮、甲苯等有機溶劑清洗氣相色譜儀的氣相色譜管線。有時，單純的清理堵塞嚴重的分流線很難清理干凈，需要其他一些輔助的機械方法來完成。可以選擇適當粗細的鋼絲簡單疏通分流管道，然后用丙酮、甲苯等有機溶劑清洗。由于事先不容易對分流部分的狀況做出準確判斷，因此氣相色譜儀在維護過程中對分流管線進行清洗是非常必要的。
