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發酵罐滅菌分為空消和實消兩部分：
空消：不論是種子罐還是發酵罐，當培養基（或物料）還未進罐前對罐進行預先滅菌，稱為空罐滅菌，也稱空消。目的是殺死全部微生物尤其是耐熱芽孢，空罐滅菌要求溫度較高，滅菌時間較長，確保殺死設備中各死角殘余雜菌或芽孢
實消：實罐滅菌是將培養基置于發酵罐中用蒸汽加熱，到達預定滅菌溫度后，維持一定時間，再冷卻到發酵溫度，然后接種發酵，也稱實消或分批滅菌。操作關鍵點為三路進汽，三路進汽即蒸汽從通風、取樣和出料口進入罐內直接加熱，直到所要求溫度，并維持一定時間
一：影響滅菌的因素：
①pH值。pH值對微生物耐熱性影響很大，pH為6.0～8.0時微生物最不易死亡，pH ＜6.0時氫離子易滲透微生物細胞內；
②培養基的顆粒物大小。當培養基中存在較大顆粒物質特別是凝結成團的膠體時，滅菌效果會受到影響；
③培養基成分。油脂、糖類、蛋白質都是傳熱不良介質，會增加微生物耐熱性，使滅菌困難。濃度較高培養基相對需要較高溫度和較長時間滅菌。高濃度鹽類，色素則減弱微生物耐熱性，故較易滅菌。
二：具體滅菌步驟如下：
（1）打開夾套蒸汽閥，利用蒸汽使罐體溫度上升至75℃～80℃，打開冷凝水排水閥，排凈冷凝水。打開取樣口，使少量蒸汽排出。
（2）待罐內溫度上升至80℃～90℃，將空氣過濾器下的冷凝水閥門打開，然后開啟空氣管道蒸汽閥，排凈冷凝水，排水2～3分鐘左右，然后將冷凝水閥門關小，確保有微量冷凝水緩緩流出。
（3）升溫時，排氣閥門保持開啟，且罐內壓力不低于0.1Mpa，查看各個管道蒸汽是否通暢，管道內部要保持一定的壓力，避免出現滅菌死角。
（4）溫度達到121℃時，略微開啟接種口，使少量蒸汽排出即可。應經常調節排氣閥和進氣閥，使罐內壓力維持在0.1Mpa左右，持續20分鐘。
（5）等待滅菌結束，關閉接種口、補料口、接種排氣閥、夾套蒸汽閥、最后關閉進氣口下的蒸汽閥（快速關閉，注意管道內的壓力），再緩緩開啟進空氣閥，引進無菌空氣，開啟空氣過濾器下方的冷凝水閥，使空氣過濾器降溫，待空氣過濾器冷卻完畢，再關閉此閥門。期間保持罐內壓力在0.02Mpa以上。
（6）待溫度降至100℃以下，關閉排污閥、開啟冷水閥或自來水閥、開啟回水閥。使用控制面板，設置自動調節溫度37℃。待溫度降至40℃時，停罐。
三：滅罐注意事項：
滅菌過程中要堅持下進（進蒸汽），上出（排氣）的原則。調整閥門蒸汽大小，按大閥門開小、小閥門開大的原則，從各路進蒸汽管道進蒸汽給料液升溫。升溫時排氣閥應開啟，保持流通，避免罐內出現假壓力。夾套不能進冷卻水，滅菌過程中要保持夾套排氣管路不能有冷卻水；滅菌恒溫過程中接種口和移種管路排氣；恒溫過程中液面要翻騰，防止假壓力。
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