CleanPlex ®是一種超可擴(kuò)展且超靈敏的NGS 擴(kuò)增子測序技術(shù)。它具有高度先進(jìn)的專有多重 PCR 引物設(shè)計算法、極其均勻的多重 PCR 擴(kuò)增化學(xué)物質(zhì) 和 創(chuàng)新的背景清潔化學(xué)物質(zhì)。它們共同使得 CleanPlex 即用型和定制 NGS 面板能夠突破傳統(tǒng)的基于擴(kuò)增子和基于混合捕獲的目標(biāo)富集技術(shù)的限制。
功能亮點：
超高的擴(kuò)增均勻性和超低的PCR背景噪音（更準(zhǔn)確的變異調(diào)用或更低的測序成本）
單管 3 小時工作流程，手動操作時間最少（輕松自動化）
兼容困難樣品（降解的FFPE DNA、FFPE RNA、cfDNA、cfRNA）和主要測序平臺（Illumina、Ion Torrent、Genapsys、MGI DNBSeq）
高的靈敏度（低至單細(xì)胞水平直接擴(kuò)增*）
出色的面板大小可擴(kuò)展性，單個多重 PCR 池中的擴(kuò)增子數(shù)可達(dá) 20,000 多個
檢測和分析單核苷酸變異（SNV）、小插入和缺失（Indels）、拷貝數(shù)變異（CNV）、基因融合/剪接變異、基因表達(dá)水平、腫瘤突變負(fù)荷（TMB）、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）、內(nèi)部串聯(lián)復(fù)制（ITD）等
以下是從 DNA 提取到測序數(shù)據(jù)分析的高級靶向測序工作流程（圖 1）。目標(biāo)富集和文庫制備工作流程（步驟 2）至關(guān)重要，通常決定測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。
以下是 CleanPlex DNA 擴(kuò)增子測序文庫制備的典型工作流程（圖 2）。 CleanPlex DNA 工作流程涉及 3 個簡單步驟，每個步驟包括熱循環(huán)或孵育反應(yīng)，然后使用磁珠進(jìn)行文庫純化。簡化的方案僅需 3 小時即可完成。在步驟 1 中，在多重 PCR 反應(yīng)中擴(kuò)增感興趣的靶標(biāo)。在步驟 2 中，引物二聚體、非特異性 PCR 產(chǎn)物和復(fù)雜的分子碎片在具有創(chuàng)新和專有 CleanPlex 背景清潔化學(xué)的消化反應(yīng)中被生化去除。在步驟 3 中，通過 PCR 索引反應(yīng)為文庫添加樣本索引條形碼。輸入材料可以是基因組 DNA 和從 FFPE、新鮮/冷凍組織或血液活檢中提取的 DNA。通過在前面添加逆轉(zhuǎn)錄步驟，輸入材料也可以是RNA。 （圖3）
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