1.顯微鏡放置注意應以雙手拿取，一手握住鏡臂，另一手托住底座以避免震蕩。
2.將電源插上開啟電源并檢查燈源是否亮起。
3.檢查接目鏡及接物鏡是否臟污，如有則以拭鏡紙擦拭。
4.將載玻片放置于載物臺上并夾好，以粗細調節輪調至適當位置。
5.如需以雙眼同時觀測則調整雙眼距離與接目鏡焦距，如有近視；眼鏡戴著或取下皆可。
6.接物鏡主要包括4X、10X、40X及100XOIL等，使用原則為由低倍至高倍，若觀察組織切片時，可先用4X（乘上接目鏡10倍即可放大40倍）的接物鏡，調整粗調節輪到切片影像出現，此時亦可調節光源大小，然后再將接物鏡調至10X（放大100倍），再以細調節輪調至影像清晰為止。
7.在鏡臺圓孔正下方有聚光器，用以聚集及調節光線，而附于聚光器的下方有葉片圈，可借其調節桿來調節光圈開啟的大小，配合光源的量，可決定透過聚光器而打在玻片背面的光強弱；過亮時常因缺乏明暗對比而使標本模糊不清，此時可將葉片光圈關小，以利于檢視。
8.若欲使用100X物鏡（放大1000倍）時，需先將接物鏡轉移，滴一小滴油在蓋玻片上，以鏡油(玻璃折射率以免光線射散)為中間介質，可使觀察更清晰），再小心的將物鏡旋轉輕輕接觸到蓋玻片上。鏡頭與蓋玻片距離很近，調整焦距時，須特別注意避免鏡頭觸及蓋玻片，以免造成玻片破裂。
9.使用油鏡（放大1000倍）時，先用細調焦輪將載物臺推高至蓋玻片與接物鏡輕輕接觸，再以細調節輪慢慢使載物臺下降，往下調焦找尋焦距，若物鏡與鏡油與蓋玻片分離，則應重覆第9步驟重新開始。
10.油鏡使用后，須以沾有95%或99.5%的酒精沾拭鏡紙擦拭數次后，再以干凈的拭鏡紙重復擦拭。
11.顯微鏡使用后將鏡臺降到低，關掉燈源，纏好電線，套上防塵套。
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