毛細管電泳實際上包含電泳、色譜及其交叉內容，它使分析化學得以從微升水平進入納升水平，并使單細胞分析，乃至單分子分析成為可能。
毛細管電泳儀出現無峰、峰變形、峰漂移怎么辦
檢查電流是否穩定：
①沒有電流。
可能原因――毛細管堵塞或斷裂。
解決方法――用水沖洗毛細管，并觀察是否有水流出，若無水流出請拆下卡盒檢查毛細管兩端和窗口是否斷裂；毛細管沒有斷裂的話可以用水反向高壓沖洗以試圖解決此問題。緩沖溶液需要過濾，將樣品過濾或者離心去除其中的顆粒。
②電流波動很大，直至幾乎消失。
可能原因――緩沖溶液中有氣泡產生或者區帶中樣品析出。
解決方法――將緩沖溶液超聲脫氣，如果還有此現象發生，則可能是樣品區帶有析出，可以通過降低樣品濃度/延長ramp time來試圖解決這一問題；對于在緩沖溶液中溶解度不高的樣品則需要在緩沖溶液中加入添加劑以解決此問題。
③電流初始值較小，后逐漸增大。
可能原因――樣品進樣量過大。
解決方法――減少進樣量，通常進樣參數設置在0.5psi,5sec左右。
問題二 樣品峰形不對稱
A、檢查毛細管入口：
可能原因――毛細管入口切口不平齊。
解決方法――重新切割毛細管入口，注意毛細管切割方法，不可以用力過猛或反復刮擦。
B、檢查更改樣品溶劑：
可能原因――緩沖溶液與樣品溶液電解率差別過大。
解決方法――可采用緩沖溶液作為樣品溶劑
問題三 遷移時間不穩定
①出峰時間不穩定且無規律：可能原因――緩沖溶液與毛細管內壁平衡較慢。解決方法――每次樣品運行之間避免用NaOH沖洗毛細管。
②出峰時間依次后延：可能原因――樣品中有物質易發生吸附。解決方法――首先在每次樣品運行之前用0.1N NaOH短時間沖洗毛細管，看遷移時間能否重復，如果效果不佳請使用涂層毛細管來改善結果或者將樣品再次處理，以去除樣品中易吸附的組分。
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