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中醫(yī)藥作為我國五千年傳承的寶貴財富，其療效與科學(xué)性歷經(jīng)歲月洗禮，得到了廣泛認可。然而，由于中醫(yī)藥的理論體系及其作用機制仍有許多尚未明晰之處，這在一定程度上制約了其深入發(fā)展和廣泛應(yīng)用。
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轉(zhuǎn)錄組是指特定細胞在特定功能狀態(tài)下所表達的全部基因的總和，通過對其進行深入研究，可以揭示不同組織或不同生理狀態(tài)下基因表達水平的差異。人體疾病的調(diào)控機制與轉(zhuǎn)錄組中的差異基因以及信號通路的變化緊密相關(guān)，這為深入探索生命科學(xué)的奧秘提供了重要線索。
通過對中藥藥物干擾后的細胞系進行比較轉(zhuǎn)錄組研究分析，我們可以從整體上把握藥物處理對細胞活動的影響。通過分析功能基因及其表達規(guī)律，我們可以確定與特定表型相關(guān)的信號通路和關(guān)鍵基因，從而精準鎖定藥物作用的靶點。同時，這種研究方法還有助于篩選出具有潛力的藥用成分，為新型中藥藥物的研發(fā)提供科學(xué)、精確、全面的數(shù)據(jù)支撐。
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因此，采用轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）技術(shù)深入探究中醫(yī)藥的研究領(lǐng)域，不僅有助于我們更全面地理解中醫(yī)藥的作用機制，而且有望為新型藥物的研發(fā)開辟一條嶄新的道路，從而推動中醫(yī)藥事業(yè)的穩(wěn)步發(fā)展。
傳統(tǒng)的RNA-seq文庫構(gòu)建方式通常是每個樣本單獨進行，這種方式不僅建庫通量較低，還導(dǎo)致建庫成本高昂。為了克服這一難題，研究者們成功開發(fā)了一種高通量、低成本的中藥轉(zhuǎn)錄組混樣測序技術(shù)，即TCM-seq技術(shù)[1]。該技術(shù)在建庫環(huán)節(jié)巧妙地將多個樣本混合在一起進行建庫，尤其適用于中藥這種成分復(fù)雜且需要大量樣本的實驗，為中醫(yī)藥研究提供了更為高效和經(jīng)濟的方法（圖1）。
生物公司也成功開發(fā)出商業(yè)化的建庫試劑盒，此試劑盒可高效地完成對數(shù)百種藥物處理后的細胞進行RNA捕獲和混合建庫流程，進而支持高通量藥物篩選工作的高效推進。同時，該試劑盒也適用于在多種不同細胞系及不同處理條件下，對同一類中藥處理樣本進行RNA捕獲和混合建庫，為中藥藥效機制的研究提供有力支持。這種建庫方法通常結(jié)合了樣本條形碼技術(shù)和一步法反轉(zhuǎn)錄擴增技術(shù)，能夠高效地獲取細胞培養(yǎng)板中的cDNA分子，隨后進行混合建庫。在測序完成后，通過識別不同的條形碼信息，可以精確地拆分出各個樣本的轉(zhuǎn)錄組信息，從而確保研究結(jié)果的準確性和可靠性。
該技術(shù)一般分成以下3步：
具體的建庫流程：
在上面建庫流程中，瑞孚迪JANUS G3工作站整合NIVO酶標儀（用于濃度檢測）和Labchip微流控毛細管電泳（用于片段檢測）可以幫助客戶實現(xiàn)整體建庫流程的自動化（如下圖）。
Janus G3整合型移液工作站：
靈活配置，配合ODTC模塊、磁力架模塊、傾斜模塊可實現(xiàn)RNA-seq文庫制備工作。
獨立4或8通道， 各通道均有液面探測功能，并可轉(zhuǎn)移不同體積液體
移液通道間距可自動調(diào)整，可操作不同規(guī)格的容器
可進行濃度均一化，系列稀釋和PCR板準備
可整合labchip及酶標儀，提供自動化方案
LabChip®GX Touch核酸分析儀
質(zhì)控金標準，基于微流控技術(shù)
速度快，大約30秒內(nèi)即可對核酸進行質(zhì)量控制分析
自動化程度高、運行成本低、通量高且靈活等特點
DNA/RNA樣本以及下游NGS文庫片段質(zhì)控
