單細胞轉錄組就是某一時刻單個細胞內所有mRNA總表達量，其表達量反映該細胞的總體特征。單細胞轉錄組技術的出現使得我們可以把研究的精度從組織多細胞層面精確到單個細胞領域，可以單獨研究某個細胞或者某群細胞具體的特征，特別是對于細胞發育、腫瘤微環境、單細胞圖譜繪制方面發揮了關鍵作用。
普通轉錄組的思路也可以應用到單細胞轉錄組。普通轉錄組相當于把一群細胞或一個器官混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞，尤其是當我們對整個組織或者器官進行測序時，它們本身就是由不同類型的細胞組成的，而我們用普通轉錄組來測序，相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異，展示的是整個組織的平均的狀態，所以說單細胞從這個來看跟普通轉錄組就不同在是用一個細胞測，不是用一堆細胞測。
單細胞轉錄組，第一步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，FACS分選等。假如已經分到了一個單細胞，跟常規的轉錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功。
