單細胞分選被越來越多的用戶采用，應用于各類單細胞分析實驗中。
如果用戶對分選的細胞要求不是很高，也不需要最終分到單個目的細胞，我們可以選擇磁珠分選。結合了磁珠的抗體去標記細胞，讓目的細胞帶上磁珠，通過磁場將結合了磁珠與沒結合磁珠的細胞分離開來,設備簡單，只需要一塊磁鐵，不需要大型儀器，得到的細胞活性好，適合大多數的實驗室。
可以在重懸細胞的時候加入1%-2%的胎牛血清，大部分流式分選儀的上樣器均沒有冷卻系統，要想分選后獲得比較好的細胞活性，應盡量減少細胞在室溫的暴露時間,該方法長時間分選的時候能較好地提高分選出來的細胞活性.分選的模式一般的流式分選儀上都有三種模式：純化、富集、單細胞。我們需要知道的是，流式分選是針對細胞所在的液滴進行操作，而不是針對細胞本身。
使細胞分散成單個細胞狀態，防止細胞粘連，同時細胞密度不宜過大，盡量使每個液滴中只含有一個細胞，在分選之前可將細胞用含EDTA的PBS清洗，去除鈣離子，或者加入適度的DNA酶，去除死細胞DNA產生的粘連。
細胞分選出來后我們需用離心管或者流式管收集，為了保證細胞的活性，收集管里需要放置一定的培養液，起到緩沖作用也可以給細胞提供一定營養，如果分選出來的細胞需要進行培養，還可在收集管中加入一定濃度的抗生素。如果分選環境不是特別干凈，切記收集后要用含抗生素的PBS進行清洗，再用含抗生素的培養基進行培養，以防止細胞污染。
如果對通量要求較高，同時目標細胞有適宜的熒光標記，可利用流式細胞儀完成單細胞分選。經熒光染色或標記的單細胞懸液，被高壓壓入流動室內，在鞘液的包裹和推動下，細胞被排成單列，以一定速度從流動室噴口噴出。通過相應熒光檢測及充電，獲得目的細胞，實現單細胞分離，進行免疫方面的研究時，流式細胞為分離單細胞方法的選擇。
