單細胞分離可以采用特制的毛細管在載玻片的瓊脂涂層上選取單孢子并切割下來，然后移到合適的培養基進行培養，分離法對操作技術有比較高的要求，多限于高度專業化的科學研究中采用。
它不僅僅可以用于分離單細胞，還可以用于nl級別試劑的分配和磁珠的分選，對于單細胞測序領域有著很大的幫助。快速高效接種單個活細胞至微孔板細胞分離系統的主要功能為高效柔和地分離或分選活的單細胞，該系統通過微流控技術柔和地形成細胞液滴，同時利用白光和熒光成像實時分析細胞數量和熒光強度。
該系統通過微流控技術柔和地形成細胞液滴，同時利用白光和熒光成像實時分析細胞數量和熒光強度，將符合要求的單細胞液滴準確接種至96孔板或384孔板等微孔板中，分離過程中避免液體剪切力、電壓、超聲等影響，以維持高細胞活率，減少對細胞的脅迫壓力，便于后續培養或分析，主要應用包括細胞株開發、稀有細胞分離、單細胞基因組測序和單細胞RNA測序等。
細胞分離可代替傳統的有限稀釋法，高效地將單個活細胞接種至微孔板中，得益于分離系統的高效率和高活率，可以將每塊微孔板中可獲得的單克隆細胞團提高至8塊，從而在相同的工作量下可篩選更多的細胞克隆，從中發現更多更優質的細胞株。單細胞分離過程中記錄的連續5張圖像，可以與后續的孔板成像的圖像證據互相補充，從而提高單克隆性的可信度。
