賽默飛離子阱質(zhì)譜技術具有較好的靈敏度、準確度，能準確測定蛋白質(zhì)。目前質(zhì)譜主要測定蛋自質(zhì)一級結(jié)構(gòu)包括分子量、肽鏈氨基酸排序及多肽或二硫鍵數(shù)目和位置，在對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析的研究中占據(jù)了重要的地位。質(zhì)譜有進樣器、離子源、質(zhì)量分析器、離子檢測器、控制電腦及數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)等組成。傳統(tǒng)的質(zhì)譜僅用于小分子揮發(fā)物質(zhì)的分析，但隨著新的離子化技術的出現(xiàn)，如基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時間質(zhì)譜和電噴霧電離質(zhì)譜等，各種質(zhì)譜技術的出現(xiàn)為蛋白質(zhì)分析提供了一種新的且準確快速的途徑。
賽默飛離子阱質(zhì)譜的工作原理：
離子阱由一對環(huán)形電極和兩個呈雙曲面形的端蓋電極組成。在環(huán)形電極上加射頻電壓或再加直流電壓，上下兩個端蓋電極接地。逐漸增大射頻電壓的高值，離子進入不穩(wěn)定區(qū)，由端蓋極上的小孔排出。因此，當射頻電壓的高值逐漸增高時，質(zhì)荷比從小到大的離子逐次排除并被記錄而獲得質(zhì)譜圖。離子阱質(zhì)譜可以很方便地進行多級質(zhì)譜分析，對于物質(zhì)結(jié)構(gòu)的鑒定非常有用。
用于質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)的方法主要有三種：肽質(zhì)量指紋圖譜法、串聯(lián)質(zhì)譜法和梯形肽片段測序法。
1、肽質(zhì)量指紋圖譜：
即用特異性的酶解或化學水解的方法將蛋白質(zhì)切成小的片段，然后用質(zhì)譜檢測各產(chǎn)物肽的相對分子質(zhì)量，將所得的蛋白酶解肽段質(zhì)量數(shù)在相應的數(shù)據(jù)庫中檢索，尋找相似肽指紋譜，從而繪制“肽圖”。由此可見，分子質(zhì)量的度是PMF的關鍵指標所在，但蛋白質(zhì)的翻譯后修飾可能使PMF的質(zhì)量數(shù)與理論值不符，故這就需要與序列信息適當結(jié)合。
2、串聯(lián)質(zhì)譜法：
是利用待測分子在電離及飛行過程中產(chǎn)生的亞穩(wěn)定離子，通過分析相鄰同組類型峰的質(zhì)量差，識別相應的氨基酸殘基。串聯(lián)質(zhì)譜的肽序列圖需要讀出部分氨基酸序列與前后的離子質(zhì)量和肽段母質(zhì)量相結(jié)合，這種鑒定方法稱為肽序列標簽(PST)。
3、梯形肽片段測序法：
與Edman法有相似之處，是用化學探針或酶解使蛋白或肽從N端或C端逐一降解下氨基酸殘基，產(chǎn)生包含僅異于1個氨基酸殘基質(zhì)量的系列肽，名為ladder，經(jīng)質(zhì)譜檢測，由相鄰肽峰的質(zhì)量差而得知相應氨基酸殘基。其中的問題是由于酶解速度不一，易受干擾。
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