CUT&Tag試劑盒背景資料：

在體內(nèi)富集組蛋白或轉(zhuǎn)錄因子（TF）復(fù)合的DNA，然后進行下一代測序，為研究全基因組蛋白質(zhì)-DNA相互作用提供了有利的工具。它允許分析與活細胞中的DNA序列結(jié)合的特定蛋白質(zhì)。這種分析要求該方法可靠地鑒定真正的靶蛋白富集區(qū)域，特別是從有限的細胞樣品中。這些樣品可以包括從組織中分離的稀有細胞群、從整個細胞群中分選的特定細胞和原代培養(yǎng)的亞群細胞如胚胎細胞。此外，該方法應(yīng)確保富集的DNA包含Z小的背景，并且蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合區(qū)域的作圖具有Z小的偏差和高分辨率。長期以來用于實現(xiàn)這一目標的主要方法是染色質(zhì)免疫沉淀，然后測序（ChIP-Seq）。然而，ChIP的主要限制是它需要1）大量的輸入材料，細胞或組織，以產(chǎn)生超過背景噪聲的足夠強的信號;和2）在初始固定步驟期間交聯(lián)。有幾種先進的方法可用于減少細胞數(shù)量或提高分辨率的ChIP-Seq。這些方法包括ChIP-exo、ChIPmentation。ChIP-exo提供了高分辨率的映射，但很耗時，并且需要大量的輸入細胞。雖然ChIPmentation使用轉(zhuǎn)座酶和測序兼容銜接子來實現(xiàn)ChIP過程中的連接整合，但它遵循傳統(tǒng)的緩慢（2天）ChIP程序，無法實現(xiàn)高分辨率映射。

CUT&Tag試劑盒描述：

EpiNext™ cTIP（CUT& Tag In-Place）測序試劑盒是 從哺乳動物細胞開始成功進行cTIP-Seq所需的一整套試劑。該試劑盒旨在從低輸入細胞/染色質(zhì)中富集蛋白質(zhì)（組蛋白或強結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子）特異性DNA復(fù)合物，并使用Illumina平臺（如Illumina Genome Analyzer II、HiSeq和MiSeq系統(tǒng)）制備用于下一代測序的文庫。創(chuàng)新的工作原理、優(yōu)化的方案和試劑盒的組分允許以Z小化的非特異性背景水平捕獲靶蛋白/DNA復(fù)合物，并快速構(gòu)建非條形碼（單重）和條形碼（多重）文庫，以便以較小的偏差和高分辨率映射靶蛋白-DNA相互作用區(qū)域。

艾美捷CUT&Tag試劑盒特點：

1、高濃縮： 使用d特的核酸切割酶混合物，其具有低序列偏倚，以同時片段化染色質(zhì)并切割/去除靶蛋白/DNA復(fù)合物兩端的任何DNA序列，而不影響靶蛋白占據(jù)的DNA。因此，可以可靠地鑒定真正的靶蛋白富集區(qū)域，并且可以實現(xiàn)高分辨率定位。

2、低投入材料： 穩(wěn)健的無超聲片段化、未結(jié)合DNA切割和免疫捕獲均在同一單管中進行，并采用珠上連接。該方法允許在細胞和組織中使用，并允許以Z小的樣品損失對靶蛋白進行Z大的降解保護。結(jié)果，輸入細胞量可以少至500個細胞或染色質(zhì)量可以低至50 ng。

3、原位標記： 在DNA純化之前，DNA銜接子與染色質(zhì)的珠上連接（原位）導(dǎo)致DNA片段大小增加，允許純化與轉(zhuǎn)錄因子（TF）結(jié)合的非常短的片段（例如：< 70 bp）用于文庫構(gòu)建。

4、Z低背景： 在靶蛋白/DNA復(fù)合物的兩（2）端原位切割未結(jié)合的DNA序列能夠使免疫捕獲/測序背景Z小化，從而允許使用<1000萬個讀數(shù)進行數(shù)據(jù)分析。

5、快速、簡化的程序： 從細胞到文庫DNA的過程不到5小時。

6、非常方便：該試劑盒包含CUT&Tag原位測序每個步驟所需的所有組件，足以用于蛋白質(zhì)/DNA捕獲和捕獲的DNA文庫制備，從而使cTIP（CUT&Tag In-Place）測序試劑盒Z方便，結(jié)果可靠且一致。

CUT&Tag試劑盒檢測原理：

EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）測序試劑盒包含了從哺乳動物細胞開始進行成功的cTIP-Seq所需的所有必要試劑。在反應(yīng)中，從細胞中分離出細胞核。目標蛋白-DNA復(fù)合物與感興趣的ChIP級抗體結(jié)合/捕獲。使用d特的核酸切割酶混合液，染色質(zhì)被碎片化，目標蛋白/DNA復(fù)合物兩端的DNA序列被切割/移除。在此過程中，被目標蛋白占據(jù)的DNA序列不受影響。接頭被連接到珠子上與目標蛋白結(jié)合的DNA片段。然后，連接的DNA被釋放、純化，并使用高保真PCR混合液進行擴增，以構(gòu)建文庫DNA。DNA隨后被清潔、釋放和洗脫。試劑盒中包括一個陽性對照抗體（抗H3K9me3）、一個陰性對照非免疫IgG和對照染色質(zhì)，這些可以用來在PCR/生物分析儀步驟中展示試劑盒的效果和性能。

使用EpiNext™cTIP（CUT和Tag In Place）測序試劑盒對文庫片段的大小分布：用對照抗體（H3K9me3）從Hela細胞分離的500 ng染色質(zhì)中捕獲組蛋白/DNA復(fù)合物，并用于DNA文庫制備。295 bps的峰值反映了單核小體的插入大小（約150 bps）