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用途： EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）測序試劑盒旨在從低輸入量的細胞/染色質中富集特定蛋白（組蛋白或強結合轉錄因子）-DNA復合物，并為使用Illumina平臺（如Illumina GenomeAnalyzer II、HiSeq和MiSeq系統）進行下一代測序準備文庫。該試劑盒的創新工作原理、優化的協議和組分允許捕獲目標蛋白/DNA復合物，Z小化非特異性背景水平，并快速構建無條形碼（單重）和有條形碼（多重）文庫，以便以較少的偏差和高分辨率繪制目標蛋白-DNA相互作用區域。

輸入量： 對于細胞，一般每反應的量可以是2 x 10^3到2 x 10^5個細胞。為了Z佳準備，細胞輸入量應為1 x 10^5，盡管cTIP（CUT&Tag In-Place）測序試劑盒數據可以通過少至500個細胞獲得修飾組蛋白的數據。對于從細胞或組織中分離的染色質，每反應的量可以是0.1微克到5微克的染色質。為了Z佳準備，染色質輸入量應為2微克。

起始材料： 起始材料可以包括各種哺乳動物細胞樣本，如從培養瓶或培養皿中培養的細胞、原代細胞、從血液、體液和新鮮/冷凍組織中分離的稀有細胞群體、從整個細胞群體中分選的特定細胞和胚胎細胞等。

抗體： 抗體應為ChIP級，以便識別與DNA或其他蛋白結合的蛋白。如果您使用的是未經ChIP驗證的抗體，則應使用適當的對照抗體，如抗RNA聚合酶II、抗H3K4me3或抗H3K27me3，以證明抗體適合ChIP。

內部對照： 該試劑盒中提供了陰性和陽性ChIP對照。

注意事項： 為避免交叉污染，仔細將樣品或溶液移液到PCR管中。使用防氣溶膠屏障移液管尖，并在液體轉移之間始終更換移液管尖。在整個過程中佩戴手套。如果手套與樣品接觸，立即更換手套。

CUT&RUN（目標下切割與釋放使用核酸酶）和CUT&TAG（目標下切割與標記）是為有限生物材料的蛋白-DNA相互作用圖譜開發的方法。雖然它們顯著提高了圖譜分辨率，但兩者都成本高昂。此外，CUT&RUN需要昂貴的PA/Mnase融合蛋白，這種蛋白對A/T序列有顯著偏好，導致目標蛋白相互作用的DNA區域圖譜嚴重受到MNase消化水平的影響。除了與CUT&RUN相同的消化偏好外，由于Tn5轉座酶酶引起的染色質的非目標可及性，CUT&TAG的特異性較低。因此，作為一種改進，我們開發了一種新技術：目標下切割并就地標記測序（CUT&Tag In-Place測序），用于繪制全基因組范圍內的蛋白-DNA相互作用。

我們的創新方法結合了ChIPmentation、ChIP-exo和CUT&RUN的優勢，并采用Z快的程序，將其整合到EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）測序試劑盒中。

艾美捷CUT&Tag試劑盒特點：

1、高富集度：使用具有低序列偏好性的d特核酸切割酶混合液，同時將染色質碎片化，并在不影響目標蛋白占據的DNA的情況下，切割/移除目標蛋白/DNA復合物兩端的任何DNA序列。因此，可以可靠地識別真正的目標蛋白富集區域，并實現高分辨率映射。

2、低輸入材料：強大的無超聲碎片化、未結合DNA切割和免疫捕獲都在同一個單管中進行，采用珠上連接。這種方法允許在細胞和組織中使用，并允許Z大限度地降解保護目標蛋白，同時Z小化樣本損失。結果，輸入的細胞數量可以少至500個，或者染色質量可以低至50納克。

3、就地標記：在DNA純化之前，將DNA接頭珠上連接（就地）到染色質，可以增加DNA片段大小，允許對結合轉錄因子（TF）的過短片段（例如：<70堿基對）進行純化，以構建文庫。

4、Z小背景：在原位切割目標蛋白/DNA復合物兩端的未結合DNA序列，能夠Z小化免疫捕獲/測序背景，允許數據分析時讀取數少于1000萬次。

5、快速、簡化的程序：從細胞到文庫DNA的過程少于5小時。

6、高度方便：試劑盒包含CUT&Tag就地測序的每個步驟所需的所有組分，這些組分足以進行蛋白/DNA捕獲和捕獲的DNA文庫準備，從而使cTIP（CUT&Tag In-Place）測序試劑盒成為Z方便、可靠且結果一致的試劑盒。

CUT&Tag試劑盒檢測原理：

EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）測序試劑盒包含了從哺乳動物細胞開始進行成功的cTIP-Seq所需的所有必要試劑。在反應中，從細胞中分離出細胞核。目標蛋白-DNA復合物與感興趣的ChIP級抗體結合/捕獲。使用d特的核酸切割酶混合液，染色質被碎片化，目標蛋白/DNA復合物兩端的DNA序列被切割/移除。在此過程中，被目標蛋白占據的DNA序列不受影響。接頭被連接到珠子上與目標蛋白結合的DNA片段。然后，連接的DNA被釋放、純化，并使用高保真PCR混合液進行擴增，以構建文庫DNA。DNA隨后被清潔、釋放和洗脫。試劑盒中包括一個陽性對照抗體（抗H3K9me3）、一個陰性對照非免疫IgG和對照染色質，這些可以用來在PCR/生物分析儀步驟中展示試劑盒的效果和性能。

EpiNext™ cTIP（CUT&Tag In-Place）測序試劑盒的工作流程。