體內富集與組蛋白或轉錄因子（TF）復合的DNA，隨后進行下一代測序，為研究全基因組蛋白質-DNA相互作用提供了一個有利的工具。 它允許分析特定蛋白質在活細胞中與DNA序列的結合。這種分析要求方法可靠地識別真正的目標蛋白質富集區域，特別是來自有限的細胞樣本。這些樣本可能包括從組織中分離出來的稀有細胞群體、從整個細胞群體中分選出來的特定細胞，以及如胚胎細胞等原代培養的亞群體細胞。此外，該方法應確保富集的DNA含有最小的背景，并且以最小的偏差和高分辨率映射蛋白質-DNA結合區域。

長期以來，實現這一目標的主要方法是染色質免疫沉淀，隨后進行測序（ChIP-Seq）。 然而，ChIP的主要限制是它需要1）大量的輸入材料，細胞或組織，以產生足夠強的信號以覆蓋背景噪聲；以及2）在初始固定步驟中進行交聯。目前有幾種先進的方法可用于ChIP-Seq，以減少細胞數量或提高分辨率。這些方法包括ChIP-exo和ChIPmentation。ChIP-exo提供高分辨率映射，但耗時且需要大量輸入細胞。而ChIPmentation使用轉座酶和與測序兼容的適配器，以實現ChIP過程中的連接整合，它遵循傳統的慢速（2天）ChIP程序，無法實現高分辨率映射。

CUT&RUN（Cleavage Under Target & Release Using Nuclease，目標下切割與釋放使用核酸酶）是為釋放有限生物材料中捕獲的目標蛋白質/DNA復合物以映射蛋白質-DNA相互作用而開發的，它顯著提高了映射分辨率。 然而，CUT&RUN需要昂貴的PA/Mnase融合蛋白，該蛋白具有顯著的A/T序列偏差，導致目標蛋白質相互作用的DNA區域輪廓受到MNase消化水平的嚴重影響。因此，作為一種改進，我們開發了一種新技術：目標下切割并使用核酸酶快速恢復（CUT&RUN Fast），用于富集組蛋白或轉錄因子結合的DNA。我們的創新方法結合了ChIP-exo和CUT&RUN的優勢，并具有超級快的程序，將其整合到EpiNext™ CUT&RUN Fast試劑盒中。

艾美捷CUT&RUN試劑盒具有以下特點：

高富集度： 使用一種d特的核酸切割酶混合物，這種酶具有低序列偏差，能夠同時將染色質片段化，并在目標蛋白質/DNA復合物的兩端切割/移除任何DNA序列，而不影響目標蛋白質占據的DNA。富集的DNA片段大于20個堿基對，可以高效快速地回收。因此，可以在高分辨率映射中可靠地實現和識別目標蛋白質富集區域。

低輸入材料： 強大的無需超聲的片段化、未結合DNA的切割和免疫捕獲都在同一個單管中進行，使用珠上連接。這種方法適用于細胞和組織，并允許最大限度地保護目標蛋白質的降解，同時最小化樣本損失。結果，輸入的細胞數量可以少至500個，或者染色質的量可以低至0.1微克。

最小化背景： 在目標蛋白質/DNA復合物的兩端原位切割未結合的DNA序列，能夠最小化免疫捕獲的背景，允許進行少于1000萬次讀取的測序數據分析。

快速、流程簡化的程序： 從細胞到文庫DNA的程序不到3小時。

高度便捷： 試劑盒包含了CUT&RUN每個步驟所需的所有組分，因此EpiNext™ CUT&RUN Fast試劑盒是方便的，能夠提供可靠和一致的結果。

EpiNext™ CUT&RUN Fast試劑盒包含了從哺乳動物細胞或分離的核/染色質開始執行成功CUT&RUN所需的所有必要試劑。 在反應中，從細胞中分離出核。目標蛋白質-DNA復合物通過感興趣的CHIP級抗體進行結合/捕獲。使用一種d特的核酸切割酶混合物，染色質被片段化，目標蛋白質/DNA復合物兩端的DNA序列被切割/移除。同時，目標蛋白質占據的DNA序列不受影響。然后對目標蛋白質結合的DNA進行純化和洗脫。富集的DNA可用于分析蛋白質-DNA相互作用，尤其是用于下一代測序。

試劑盒中包括： 一個陽性對照抗體（抗H3K9me3）、一個陰性對照非免疫IgG，以及控制染色質，這些可以用來在PCR/生物分析儀步驟中展示試劑盒的效果和性能。

CUT&RUN試劑盒檢測原理：

圖 1. EpiNext™ CUT&RUN Fast試劑盒的工作流程。

圖 2. 使用EpiNext™ CUT&RUN Fast試劑盒進行目標蛋白質/DNA富集： 通過控制抗體（抗H3K9me3和抗RNA聚合酶II，EpigenTek）從100,000個Jurkat細胞中捕獲組蛋白/DNA復合物。非免疫IgG作為對照。富集的DNA被純化并通過熒光定量以比較富集倍數。

圖3。庫片段的大小分布。使用EpiNext™CUT&RUNFast試劑盒，組蛋白DNA復合物被對照抗體（H3K9me3）從Hela細胞分離的1 ug染色質中捕獲，并用于DNA文庫制備。290 bps左右的峰值反映了單核小體的插入大小（150 bps）。