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1．菌種培養待鑒定的菌種一定是純種
如果菌種不純，所觀察到的現象則是混合現象，這樣自然不會得到正確的結果。因此在鑒定之前，首先要將菌種純化。 純化方法，一般有2種：平板劃線單菌落分離法和單細胞分離法。前一種操作簡便，效果良好，適用范圍廣。 
2．菌種培養要有合適的鑒定方法
微生物種類繁多，特征各異，性狀有主次之分。因此，在鑒定某種微生物時，要選用合適的鑒定方法，確定主要的測試項目。 例如，鑒定的微生物若是霉菌，則菌落形態觀察十分重要； 若是酵母菌，有性繁殖的方式、特征以及生理生化特征中的糖的發酵和同化，硝酸鹽的同化就是主要指標。3．菌種培養選一本比較好的鑒定手冊
鑒定時以此手冊為標準，開展鑒定工作。根據多數人的經驗，我們認為在細菌鑒定方面，使用《伯杰氏鑒定細菌學手冊》一書較為合適。
在放線菌鑒定方面，可以參看中科院微生物研究所編著的《鏈霉菌鑒定手冊》（1975年）一書。
真菌的鑒定可參看中科院微生物研究所編著的《常見與常用真菌》（1973年）一書。荷蘭羅德的《酵母的分類研究》（1970年）一書，對酵母菌的分類有很大的實用價值。