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微生物菌種在培養或保藏過程中，由于自發突變的存在，出現某些原有優良性狀的劣化、遺傳標記的丟失等現象，稱為菌種衰退。菌種衰退不是突然發生的，而是從量變到質變的逐步演變過程。菌種衰退的主要原因是有關基因的負突變。合理的育種、選用合適的培養基、創造良好的培養條件、采用有效的菌種保藏方法等可以有效的防止菌種的退化。
常用的菌種保藏方法有斜面低溫保藏法、液體石蠟保藏法、濾紙保藏法、沙土保藏法、液氮冷凍保藏法、冷凍干燥保藏法。
菌種衰退不是突然發生的，而是從量變到質變的逐步演變過程。開始時，在群體細胞中僅有個別細胞發生自發突變(一般均為負變)，不會使群體微生物菌種株性能發生改變。經過連續傳代，群體中的負變個體達到一定數量，發展成為優勢群體，從而使整個群體表現為嚴重的衰退。
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微生物菌種