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微生物菌種該技術zui大程度革除了原有組織分離時子實體處于生長中后期，攜帶病毒、病菌可能性極大等弊端，真正實現了分離組織的脫毒目的。
具體操作為： 常規配制基料，調破氮比為30∶1。碳氮比不可小于25∶1，以免菌絲過度旺盛生長結成菌皮，不易現原基。大口罐頭瓶洗凈、備用。準備數塊又11厘米×11厘米的純棉紗布。裝料至瓶口下1厘米時，從瓶口處鋪上一層紗布，用平口螺絲刀將紗布邊緣插至瓶下，使之緊貼瓶劈。封口滅菌、接種、培養等操作按常規進行。待菌絲發滿瓶后，施行溫差、濕差、光照等刺激，一般約7天即可現出原基。此時原基的形態是白疙瘩 。待原基高至1厘米時，即可進行脫毒分離。 將微生物菌種瓶用75％酒精擦洗后，移入已消毒的接種箱，箱內不再進行常規熏蒸。同時準備接種針（或接種釣）、多個刀片（以備交替使用），與菌瓶一同放入接種箱中，噴灑新潔爾滅以確保無菌操作。兩手用75％酒精擦洗，伸入接種箱，將刀片進行灼燒滅菌后手持冷卻。打開菌瓶封口，兩手配合用無菌鑷子取出原基。由于料面覆蓋一層紗布，故不會將基料帶出，操作方便。用刀片將原基表層削去約1毫米，然后用尖刃刀片將原基劃切，使每塊大小1毫米2左右。用接種針將分離的原基塊移入平板或大型試管進行常規培養。
微生物菌種操作要點：一是用刀片進行削、切時，每切一刀須更換一次刀片；二是分離塊接入時須靠邊緣投放，可接在平板的邊緣或試管的zui前部，一般不居中接入。