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Molecular Devices使用QuickDrop分光光度計進行核酸定量和分析
產品特點:
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zui小樣品量低至0.5 μL
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從1.0 ng/μL到2,500 ng/μL的DNA定量
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LCD觸摸屏可獨立完成實驗及數據分析
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比色皿法可進行動力學法和波長掃描
背景介紹:
分光光度測定法是一項定量和分析生物成分的成熟技術。其中,核酸是生物實驗室zui常檢測的生物成分之一。確定這些樣品的濃度和純度對許多下游實驗至關重要,例如PCR、qPCR測序和DNA基因芯片。
核酸主要吸收260nm下的紫外光,其濃度可以應用比爾-朗伯特定律通過它們的相關消光系數和樣品光程計算出來。首先,260nm的紫外光直接照射樣品,并且穿過樣品,而另一邊的光電檢測器則測定有多少光被吸收。通過對照參比(一般是樣品稀釋液),可以定量樣品中的核酸濃度。
樣品純度是核苷酸定量的一個重要指標。盡管不是確定純度zui準確的方法,A260/A280和A260/A230依然可以用來粗略估計蛋白和化學成分的污染程度。
SpectraMax® QuickDrop™分光光度計是一款多用途的紫外-可見(UV-Vis)超微量分光光度計,尤其是在分析核酸樣品方面。它包含一個0.5mm超微量上樣孔、比色皿插槽和內置的LCD觸摸屏,使用者可以在這一個系統上進行多種實驗。
在這一應用指南中,我們展示了Quick-Drop分光光度計是如何以高準確度和高一致性來定量(濃度)和定性(樣品純度)分析核酸樣品的。
材料與方法:
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QuickDrop 紫外-可見分光光度計(Molecular Devices cat. #QUICKDROP)
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UltraPure™ 小牛胸腺DNA溶液(Thermo Fisher cat. #15633019)
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RNA Control 250(Thermo Fisher cat. #AM7155)
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10 mm 遠紫外石英比色皿(Starna Cells cat. #9-Q-10)
樣品交叉污染:
樣品交叉污染通過使用超微量上樣孔交替檢測小牛胸腺DNA和超純水進行評價。超純水作為參比。超微量孔在每次讀數完成后用不起毛的紙擦拭干凈。
標準曲線的線性:
溶于超純水中起始濃度為2500ng/μL的雙鏈DNA(dsDNA)經兩倍系列稀釋。超純水作為空白,每個樣品濃度都在0.5-mm超微量上樣孔中讀3次。利用預設好的DNA定量方法,從230nm到320nm波長下檢測器吸光度值。DNA定量法自動計算出ds D N A 濃度,基于計算方程及以下26 0 n m 和320nm分別檢測出的吸光度值。
濃度μg/mL =(A260 - A320) x 稀釋因子 x 50 μg/mLQuickDrop自動運行這些計算并報告濃度給使用者。之后,數據可以使用SoftMax®Pro軟件和SoftMax Pro導入功能繪制圖表。雙對數曲線擬合用于顯示標準曲線的線性。
樣品體積比較:
小牛胸腺DNA采用超純水稀釋,分別是0.5 μL, 1.0 μL和2.0 μL,在超微量上樣孔中檢測(n = 5)。超純水作為參比。參比體積與樣品體積相同。
RNA 驗證:
ThermoFisher的RNA質控250用于比較QuickDrop分光光度計和NanoDrop™分光光度計的性能表現。試劑盒中提供的儲存液作為參比。參比樣品和RNA質控品均于超微量上樣孔中檢測。所得結果與RNA質控試劑盒說明書中的參數做比較。
污染物檢測:
樣品DNA被50 μM苯酚溶液污染。污染的樣品和質控品在比色皿模塊中使用“波長掃描”功能檢測。這一功能在整個波長范圍內遞增的檢測樣品吸光度。結果使用Microsoft® Excel繪制曲線。
結果:
樣品交叉污染:
樣品交叉污染在QuickDrop超微量上樣孔中檢測。圖1和表1中的結果顯示經過不起毛的簡單擦拭后,后續實驗中沒有明顯的樣品交叉污染。
標準曲線線性:
在圖2中,QuickDrop展示出DNA濃度和稀釋因子之間的線性關系。從這個實驗中,我們可以得出QuickDrop的zui低檢測濃度為1 ng/μL DNA。
樣品體積比較:
3個不同體積DNA樣品在QuickDrop超微量上樣孔中進行檢測。計算出的樣品DNA濃度在不同體積下都是一致的(圖3)。為了得到的結果,我們建議使用2-μL體積,因為其更易加樣。
RNA驗證:
對RNA 250質控品的檢測說明了Quick-Drop完夠用于檢測RNA。所測濃度在質控品試劑盒提供的可接受范圍之內(250 ±5 ng/μL)。
污染物檢測:
使用波長掃描功能,污染物可以從樣品中識別出來,通過在230nm處與對照比較,有上升的吸光度值(圖5)。這一功能可以應用于DNA純化過程中其他類型污染物的發現,如硫氰酸胍。QuickDrop的有效波長范圍可從190nm到1100nm,對全面分析各類化學品都很有幫助。
總結:
QuickDrop內置的比色皿模塊和超微量上樣孔都能夠進行非常靈敏的核酸樣品定量及分析。如以上所示,低至0.5 μL的樣品也能在超微量孔中得到一致性很高的讀數。同時, 還具有非常寬的檢測范圍(1 ng/μL to 2500 ng/μL)和非常低的樣品交叉污染。
zui后,內置的LCD觸摸屏為研究者提供了重要信息,如樣品濃度和純度(圖6)。所有這些特點, 加上它小巧靈活的體積,QuickDrop分光光度計將成為在任何實驗室環境下進行核酸定量和分析的理想選擇。