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環境

研究報道，從土壤、水、下水道、動物和人類排泄物中都曾分離到阪崎腸桿菌。并且在對農作物的內部寄生微生物研究中，也發現植物的根、徑等處都有阪崎腸桿菌的存在。食品加工廠如乳粉生產工廠、巧克力工廠、谷類加工廠、土豆粉加工廠，以及家庭環境中，也被分離出阪崎腸桿菌。在這些自然環境中，乳粉加工廠是一個重要的污染來源，包括粉塵、真空吸塵器袋、灑落的樣品，甚至生產用水和CIP閥。它們都曾被分離出阪崎腸桿菌。

臨床

在臨床上，病患感染阪崎腸桿菌后，從其腦脊髓液、血液、骨髓、鼻涕、糞便、皮膚、傷口，胸的膿腫等處分離到阪崎腸桿菌。其感染來可能自于母親產道污染，醫院空氣或醫用材料。

食品

與臨床相比，食物和環境是阪崎腸桿菌污染的主要來源。科學家從多種食物和飲料中分離出阪崎腸桿菌。這些食物和飲料的多種原料，如奶粉、肉制品、豆制品、面包等，都有可能感染阪崎腸桿菌，導致終產品中檢出該菌。其中，嬰幼兒配方奶粉稱為是常見、也是敏感的阪崎腸桿菌食物來源。

我國制定了阪崎腸桿菌檢驗國家標準（GB4789.40—2016），可使用上HiMedia公司生產的阪崎腸桿菌顯色培養基（貨號：MV1577）。該培養基適用于從食物、牛奶和奶制品中分離鑒定阪崎克羅諾桿菌屬（阪崎腸桿菌），采用無瘋牛病風險的植物蛋白胨取代了動物蛋白胨，產品有GMP，CE和FDA，ISO9001，ISO13485認證證書，安全可靠。