離子色譜樣品預處理柱利用填料技術。此類小柱基于固相萃取原理開發，采用高潔凈度填料，利用反相吸附和離子交換原理，可有效去除樣品中的有機物和雜質離子等雜質，避免了雜質對離子色譜柱的污染和對分離效果的影響。
離子色譜樣品預處理柱應遵循如下原則。
1）為了使柱床的處理效果達到理想的目的，應該按照推薦的流速使樣品溶液通過樣品前處理柱。對于基于吸附原理的樣品前處理過程，只有當樣品溶液的流速小時柱床才能獲得有效的利用；而對于基于離子交換原理的樣品前處理過程，只有當樣品溶液的流速小時，柱床才能獲得有效的利用。而當處理的樣品溶液的量小于他的容量時，則過樣速度可適當加大。
2）不管是處理樣品溶液還是標準溶液，都應該將開始的流出液棄去不用。例如，將樣品溶液加入注射器中后，應該將開始先流出的流出液棄去后，再收集下邊的流出液，用來進樣進行離子色譜測定。
3）在使用手動進行樣品預處理時，為了對樣品前處理柱提供必要的壓力，應該使用注射器。
4）為了除去離子色譜樣品預處理柱上的微量離子性污染物并對柱填料進行預處理，應該在使用前按照合適體積的去離子水或其他適當的溶劑對其進行沖洗。
當進行低濃度分析物的樣品前處理時，應該先按照推薦的方法對處理柱進行沖洗。然后再用去離子水沖洗，并將此過柱液注入注射進樣進行離子色譜的空白實驗。如果空白值太大，表明沖洗不夠充分，此時應該對柱進行重新沖洗并測定空白進行檢驗。
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