樣品預處理柱由于樣品種類繁多，其組成、濃度、物理形態等均是色譜分析測定的重要影響因素。樣品處理技術就成為提高分析測定效率、改善和優化色譜分析的重要環節。
樣品預處理柱除了稱重、溶解、稀釋等步驟外，樣品需要：
①過濾；
②萃取；
③衍生化（柱前衍生）；
④液相色譜（低壓柱層析）。這些操作可以是手工進行或實行自動化操作。除去干擾物、增加檢測器靈敏度（富集）、保護色譜柱等。同時也是為了避免色譜分離故障，其中樣品萃取是關鍵的一步，要從大量的干擾物中萃取出微量組分難度極大。
樣品預處理柱的常見故障與解決辦法：
（1）色譜圖中出現無關的峰，原因有可能是樣品過濾器帶來污染，解決方法如下：
①將過濾器浸泡在樣品溶劑中并進樣試驗；
②改變過濾器類型；
③采用交替清洗技術。
（2）一些或全部化合物的峰比預期的小，尤其是低濃度的樣品，原因可能是樣品過濾器表面吸附下降，解決方法如下：
①改變過濾器類型；
②嚴格按相同條件處理所用樣品；
③采用交替清洗技術。
（3）回收率太低或差，原因可能是萃取不*，解決方法如下：
①增加萃取時間，使用熱溶劑；
②修改清洗方法。
（4）色譜峰變寬，柱壽命縮短，原因可能是樣品帶來的干擾與污染，應改進清洗方法。
（5）精度差，原因可能是回收不*，解決方法如下：
①改進或替換衍生化、分離、萃取或其他條件；
②用自動化處理裝置提高精度。
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