由于核酸藥物是在生物反應作用機制的上游發揮作用，不良反應相對較少，而被視為治療多種疾病的有希望的藥物，因此利用質譜對核酸分析進行表征是目前備受關注的研究方向。盡管高分辨率及高精度的ESI質譜儀能夠對核酸的質量進行準確測定，但使用ESI質譜儀進行常規寡核苷酸序列分析仍依然存在困難。使用經典的ESI-MS/MS技術很難獲得完整的內部寡核苷酸序列。另一方面,據報道使用MALDI-TOF MS 的 In Source decay (ISD)是核酸序列分析的一種有用的方法，盡管該儀器的性能不像ESI質譜儀一樣可以對核酸的質量進行準確測定。本文將介紹使用LCMS - 9030 (ESI - QTOF）和MALDI - 8030(配備雙極性臺式線性MALDI - TOFMS）進行核酸表征的案例。