1.青海發光桿菌的質量：保藏的菌種應培養在營養豐富的zui適條件下，使之進入穩定期，稍老一些的菌體對環境抵抗力強。另處，作為冷凍干燥的菌懸液細胞濃度要高不同的菌對冷凍程度不同，如果保存的菌液細胞濃度不高，就會使以后傳種造成困難，保存期也會受到影響。
2.保護劑：不同種類的保護劑對不同微生物的作用是不同的，如個別菌種在脫脂乳作保護劑的情況下死亡率達99.99%，而采用葡聚糖等混和保護劑時死亡率大大減少。一般情況下，那些容易保存的菌種對保護劑的要求不很嚴格，而不易保存的菌種對保護劑的要求卻很苛刻。因此，選擇好的保護劑是冷凍干燥保存菌種的關鍵因素。
3.干燥速度：實驗表明，慢速干燥比快速干存活率高，如青霉菌6h干燥存活率為67.3%，而3h為59%。
4.空氣的影響：冷凍干燥后空氣對細菌細胞影響較大，可導致細胞損傷進而死亡，故在凍干后應立即在真空下融封，青海發光桿菌才有利于長期保存。
5.溫度的影響在干燥和真空狀況下溫度的影響遠沒有上述項因素重要，因此可以在室溫下保存，但許多生物在4℃保存的存活率要比在室溫下高1倍。
6.含水量的影響：水分含量過高對菌存活不利，*脫水也不利于保存，一般把干燥的細胞含水量控制在3%以下(1%～3%)。
7.復蘇培養：打開安瓿管后加入無菌水使凍干菌融化，青海發光桿菌融化速度慢比快速融化的成活率要高。
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