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熒光定量PCR儀有單通道，雙通道，和多通道。當(dāng)只用一種熒光探針標(biāo)記的時(shí)候，選用單通道，有多熒光標(biāo)記的時(shí)候用多通道。單通道也可以檢測(cè)多熒光的標(biāo)記的目的基因表達(dá)產(chǎn)物，因?yàn)橐淮沃荒軝z測(cè)一種目的基因的擴(kuò)增量，需多次擴(kuò)增才能檢測(cè)完不同的目的基因片段的量。熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號(hào)采集系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)，實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉(zhuǎn)錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴(kuò)增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，而反之就不行了，況且這樣代價(jià)太大了，一般的實(shí)驗(yàn)室都不允許這樣做的。總之兩者的功能不能互相取代。