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由于農藥的品種繁多，各種農藥的化學結構各異，同時中藥中自身的化學成分性質若于農藥相近，會對檢測造成干擾。中藥材中農藥的殘留屬于痕量級，所有這些決定了中藥材中農藥殘留的檢測難度很大，因此檢測方法也是不斷發展的，到目前為止，用于中藥材中農藥殘留量檢測的方法有以下幾種：
①、氣相色譜法（GC）：此法是農藥殘留檢測的主要分析手段，在有機磷和有機氯農藥的檢測中仍占據優勢。
②、液相色譜法（HLPC）：此法適用于分析熱不穩定及強極性農藥及其代謝產物，且可以與柱前提取、純化、柱后熒光衍生化反應及MS聯用，易實現分析自動化。現常用于氨基甲酸酯類化合物的分析測定
③、薄層色譜法（TLC）：主要用于定性分析，方法簡單，可同時分析多個樣品，常用于復雜混合物的分離和篩選
④、酶聯免疫吸附法:此法可準確定性定量，適用于現場分析，缺點是由于制備抗體比較困難，因此會出現假陽性或假陰性的結果
⑤、活體生物測定法：此法可定量，用于現場分析，缺點是農藥濃度和發光強度的線性不夠準確，只能半定量
⑥、原子吸收光譜法：此法適用于無機鹽農藥的檢測
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