保持光學元件的清潔對于保證好的光學性能來說非常重要，當顯微鏡不用時，顯微鏡 應當用儀器提供的防塵罩蓋住。若光學表面及儀器有灰塵和污物，在擦清表面前應當先用吹氣球吹去灰塵或用柔軟毛刷去污物。
光學表面應當用無絨棉布，鏡頭紙或用的鏡頭清潔液沾濕的棉花簽來清潔。清避免使用過多的溶劑，擦鏡紙或棉花簽應恰當沾濕溶劑但不要因為使用太多溶劑而滲透到物鏡內，造成物鏡清晰度下降及物鏡損壞。
顯微鏡中目鏡物鏡的表面鏡頭zui容易受到灰塵和污物及油的粘污，當發現襯度，清晰度降低，霧狀發生時，則需要用放大鏡仔細檢查目鏡，物鏡前面鏡頭的狀況。
低倍物鏡有相當大的前組鏡片，能用纏在手指上的棉布或棉簽及擦鏡紙上用乙醇沾濕來擦拭。40X、100X需多加小心地用放大鏡仔細檢查。高倍鏡中為了達到高的平坦度，應用了一個有小曲率半徑凹面的前組鏡頭，在擦拭這組鏡頭時用帶有棉球的牙簽或棉花簽清潔。擦拭鏡頭表面要輕。不要過度用力和有刮擦動作，并確信棉簽觸到鏡頭的凹面。在清理后用放大鏡檢查物鏡是否損傷，如果必須要去開觀察鏡筒，小心不要接觸到鏡筒下面的外露鏡頭，鏡頭表面如有手指印會降低成像的清晰度，用清潔物目鏡的方法進行擦拭。
當顯微鏡使用100X油鏡使用完時，請及時將油鏡表面擦拭清楚并檢查40X物鏡是否沾上油，如有請及時擦清。使顯微鏡始終保持成像清晰。
