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高效液相色譜儀 主要有 3 類：正相 高效液相色譜儀、反相高效液相色譜儀和超高效液相色譜儀。
正相高效液相色譜儀使用非極性溶劑作為流動相，硅膠顆粒作為固定相。在常規高效液相色譜儀中，與非極性化合物相比，極性化合物在固定相中會更長時間地粘附在極性有機硅上。因此，非極性化合物在正常高效液相色譜儀中的洗脫速度更快。孔徑一般在3微米左右。
反相高效液相色譜儀是最常見的高效液相色譜儀類型。在反相高效液相色譜儀中，固定相被烴鏈（通常長8-18個碳）改性，導致色譜柱變為非極性。也使用極性溶劑。在反相高效液相色譜儀中，樣品中的極性分子會與溶劑產生強烈的吸引力，從而使它們更快地洗脫。它們也不會與非極性固定相相互作用。非極性化合物會與固定相產生范德華力和分散相互作用，因此它們的洗脫速度較慢。
與高效液相色譜儀相比，超高效液相色譜儀運行速度更快、使用的溶劑更少且分辨率更高。色譜柱也更小，固定相顆粒的尺寸要小得多。較小的孔（亞2微米）促進了分子更好的分離和分辨率。較短的色譜柱還可以進行快速檢測。然而，超高效液相色譜儀 不能用于干燥或未過濾的樣品，因為較小的孔會堵塞，這是一個昂貴且耗時的修復過程。
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