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可以從以下幾方面進行排查：下面處理步驟中每一個提到的分析樣品，均是用污染前出峰正常的試樣作為分析對象，每次分析不少于兩個平行樣，以真實反映排查步驟的效果。如果分析樣品時問題有所減輕，則需要多次重復進樣以最終確認。
(1)維護進樣口
更換新的進樣墊、氣化襯管，進樣口溫度升高30~50℃。分析樣品后如果仍出現相同的雜峰，進行下一步。
(2)色譜柱再生
如果色譜柱是毛細柱，則將進樣口端截去15cm左右；如果是填充柱，卸下進樣口端，檢查填充柱內的石英棉是否有明顯污染的痕跡。
色譜柱檢查完后進行高溫老化，溫度設定在高于使用溫度30~50℃以上，如果超出允許使用溫度，則設定在最高使用溫度以下10℃。設定合適的程序升溫方法，老化3~5個小時。
老化后問題仍不能解決的話需要清洗進樣口，分流進樣口還需要清洗分流流路。因為清洗工作需要將進樣口、色譜柱拆卸下來，用大量溶劑清洗，最好咨詢廠家工程師。
進樣口清洗后污染仍然不能解決，可以使用溶劑清洗色譜柱的方法。因為溶劑清洗色譜柱需要專用工具，操作也不簡單，有條件的話更換一根正常的色譜柱也是快速排除色譜柱是否污染的方法。
清洗方法：
用溶劑清洗毛細管色譜柱的方法，包括將要清洗的色譜柱從GC上卸下來，并將幾毫升溶劑注入色譜柱中。溶劑清洗裝置會連接到有壓力的氣源(N2或He)，壓力會強制溶劑流過色譜柱。污染物會溶解在溶劑中，并隨溶劑反沖出色譜柱。然后將溶劑吹掃出色譜柱，并對色譜柱進行適當的老化。
任何可溶于清洗溶劑的殘留物就會從色譜柱中去除。如果儀器分析未卸下色譜柱，就注入大量溶劑，是起不到清洗色譜柱的作用的，也不能從色譜柱中去除所有污染物。毛細管GC色譜柱必須具有鍵合和交聯的固定相才可以使用溶劑進行清洗。若使用溶劑清洗非鍵合的固定相會嚴重損壞色譜柱。
建議使用甲醇、二氯甲烷和正己烷，它們在大多數情況下效果不錯。可使用丙酮代替二氯甲烷，以避免使用含氯溶劑。
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