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高效液相色譜儀的儀器本身是記錄樣品通過檢測器時，吸光度的變化而產生的電信號變化，從而產生色譜譜圖，最終的結果就要靠后期的色譜數據處理系統。
譜圖處理完即可制作校正曲線，校正曲線是數據處理的重點，是將標樣譜圖的信息與數據做成一個標準，供處理試樣譜圖使用。校正是通過分析準備好的標準樣品，來確定計算絕對組分濃度的響應因子的過程。接下來介紹常用的數據處理方法：
1高效液相色譜儀外標法是指添加一定量的標準品于空白樣品中制成對照樣品，與未知檢測樣品平行進行樣品處理并檢測，根據對照品響應值與標準品的濃度函數關系計算出未知檢測樣品中被測組分濃度的定量方法。
2內標法指的是將一定重量的純物質作為內標物加到一定量的被測樣品混合物中，然后對含有內標物的樣品進行色譜分析，分別測定內標物和待測組分的峰面積及相對校正因子，按公式計算出被測組分的含量。
3高效液相色譜儀兩種數據處理方法的區別
內標法是把標準物質加入到被測樣品中，外標法不是把標準物質加入到被測樣品中，而是在與被測樣品相同的色譜條件下單獨測定。
1、高效液相色譜儀外標法要求儀器重復性很嚴格，適于大量的分析樣品，因為儀器隨著使用會有所變化，因此需要定期進行曲線校正。此法的特點是操作簡單，計算方便，不需測量校正因子，適于自動分析。但儀器的重現性和操作條件的穩定性必須保證，否則，會影響實驗結果。
2、內標法要求挺嚴格的，對于內標物的選擇要有一定的原則，適于分析樣品量較少的情況；不要求樣品里的所有組分都出峰，只要內標物和所關注的組分出峰并分離好就可以了；定量準確，對進樣量和操作條件的控制不很嚴格，但必須準確稱量試樣和內標物，否則會影響實驗結果·。
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