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1、在有機相與水相混合之后測量pH
pH計是經過校準專門用來準確測定水溶液的pH值的，因為校準用的緩沖液是水溶液。如果用來測量混合了有機相的流動相，結果會有所偏差。不過重要的是測量要保持一致性。如果習慣于混合之后再測pH，也是可以的，只是在發表方法的時候要注明以便別人按同樣的方法測量。
2、不使用緩沖液
緩沖液是用來保持特定的pH值并緩沖pH值的變化的。很多因素例如樣品基質、空氣中的CO2、甚至實驗用水的來源都有可能改變流動相的pH值并造成保留時間的漂移和峰形的變化。（甲酸和TFA并不是緩沖液）
3、緩沖體系選擇錯誤
緩沖鹽的pH區間一般是±1pH。超出這個范圍緩沖能力急劇下降。所以在選擇緩沖體系的時候要注意體系的pH適用區間包含你所需要的pH。
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