顯微鏡是由一個透鏡或幾個透鏡的組合構成的一種光學儀器，是人類進入原子時代的標志。主要用于放大微小物體成為人的肉眼所能看到的儀器。顯微鏡分為光學顯微鏡和電子顯微鏡。現在的光學顯微鏡可把物體放大1600倍，國內顯微鏡機械筒長度一般是160毫米。其中對顯微鏡研制，微生物學有巨大貢獻的人為列文虎克，荷蘭籍人。
光學顯微鏡由目鏡，物鏡，粗準焦螺旋，細準焦螺旋，壓片夾，通光孔，遮光器，轉換器，反光鏡；載物臺，鏡臂，鏡筒，鏡座，聚光器，光闌組成。
D=0.61λ/N*sin（α/2）
D：分辨率
λ：光源波長
α：物鏡鏡口角（標本在光軸的一點對物鏡鏡口的張角）
想要提高分辨率，可以通過：1、降低λ，例如使用紫外線作為光源；2、增大N，例如放在香柏油中；3、增大α，即盡可能地使物鏡與標本的距離降低
電子顯微鏡有與光學顯微鏡相似的基本結構特征，但它有著比光學顯微鏡高得多的對物體的放大及分辨本領，它將電子流作為一種新的光源，使物體成像。至今，除了透射電鏡本身的性能不斷的提高外，還發展了其他多種類型的電鏡。結合各種電鏡樣品制備技術，可對樣品進行多方面的結構 或結構與功能關系的深入研究。顯微鏡被用來觀察微小物體的圖像。常用于生物、醫藥及微小粒子的觀測。電子顯微鏡可把物體放大到200萬倍。
臺式顯微鏡
主要是指傳統式的顯微鏡,是純光學放大，其放大倍率較高，成像質量較好，但一般體積較大,不便于移動,多應用于實驗室內,不便外出或現場檢測。
主要是近幾年發展出來的數碼顯微鏡與視頻顯微鏡系列的延伸。和傳統光學放大不同,手持式顯微鏡都是數碼放大，其一般追求便攜，小巧而精致，便于攜帶；且有的手持式顯微鏡有自己的屏幕，可脫離電腦主機獨立成像，操作方便，還可集成一些數碼功能，如支持拍照、錄像、圖像對比、測量等功能。
數碼液晶顯微鏡
開始是由博宇公司研發生產的，該顯微鏡保留了光學顯微鏡的清晰，匯集了數碼顯微鏡的強大拓展、視頻顯微鏡的直觀顯示和便攜式顯微鏡的簡潔方便等優點。
掃描隧道顯微鏡亦稱為“掃描穿隧式顯微鏡”、“隧道掃描顯微鏡”，是一種利用量子理論中的隧道效應探測物質表面結構的儀器。它作為一種掃描探針顯微術工具，掃描隧道顯微鏡可以讓科學家觀察和定位單個原子，它具有比它的同類原子力顯微鏡更加高的分辨率。此外，掃描隧道顯微鏡在低溫下（4K）可以利用探針準確操縱原子，因此它在納米科技既是重要的測量工具又是加工工具。
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