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提取+建庫！FFPE樣本文庫制備一站式解決方案！
腫瘤樣本是檢測基因突變的載體，世界腫瘤發病率居高不下，而醫院的低溫儲存設備捉襟見肘，福爾馬林浸泡，石蠟包埋的樣本（FFPE）能在常溫長時間儲存，更受廣大臨床醫生歡迎。據統計，世界各地醫院積攢了約4億FFPE樣本，但是福爾馬林的固定、石蠟高溫浸入、較長保存時間都會導致DNA的交聯和不同程度降解，如何從這些海量樣本中提取高質量DNA，然后建庫測序并分析成為了棘手問題。翌圣生物深耕生命科學領域多年，基于自身深厚的工具酶技術和經驗積累，為FFPE DNA的NGS檢測提供完整解決方案。
圖1. FFPE DNA實驗、分析
FFPE DNA提取
FFPE DNA提取需經歷脫蠟、酶消化、DNA提取共3個步驟。經過潛心優化和精心打磨，翌圣重磅推出FFPE DNA提取試劑盒——MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit（鄂漢械備20210919號）。在FFPE脫蠟步驟中，目前市場上常用的脫蠟方式是二甲苯，其強烈刺激性氣味，強烈刺激人體食道和胃，并引起嘔吐，本試劑盒采用無毒脫蠟液取代二甲苯脫蠟功效，為實驗人員健康保駕護航；在酶消化步驟中，翌圣采用精心優化提取體系，確保蛋白酶K能充分消化蛋白和相應核酸酶，保證DNA釋放和不被核酸酶消化，這一點直接體現在最終DNA產量上面。結果顯示，翌圣提取總量最高。
圖2. 各試劑盒提取FFPE DNA結果
FFPE DNA文庫構建
1 酶切法建庫
圖3. 文庫產出（50ng FFPE DNA）
圖4.文庫測序下機結果
2 建庫接頭
圖5. UDI識別index hopping的原理
3 DNA磁珠
磁珠純化是建庫關鍵環節之一，Hieff NGS® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理，通過精心優化過的緩沖體系，可用于DNA文庫片段分選、純化，和目前廣泛使用的AMPure XP Beads使用方式相同，片段回收效率和文庫大小分布均高度吻合，因此可無縫替代AMPure XP Beads，有效降低建庫成本。
表1.不同品牌磁珠在不同比例下回收效率比較
磁珠比例 | Input DNA (ng) | Yeasen | Be* | Va* | Vd* | Tr* | |||||
回收量(ng) | 回收率 | 回收量(ng) | 回收率 | 回收量(ng) | 回收率 | 回收量(ng) | 回收率 | 回收量(ng) | 回收率 | ||
1.8× | 535 | 534.4 | 99.89% | 524.8 | 98.09% | 518.4 | 96.90% | 566.4 | 105.87%* | 534.4 | 99.89% |
1.2× | 518.4 | 96.90% | 537.6 | 100.49%* | 521.6 | 97.50% | 528 | 98.69% | 505.6 | 94.50% | |
0.8× | 499.2 | 93.31% | 406.4 | 75.96% | 416 | 77.76% | 464 | 86.73% | 425.6 | 79.55% | |
0.6× | 326.4 | 61.01% | 210.56 | 39.36% | 281.6 | 52.64% | 283.52 | 52.99% | 247.04 | 46.18% | |
【注】：DNA Marker中含loading等物質，影響核酸定量，因而初始的Input定量結果偏低，所以表中出現回收效率略高于100%。
4 文庫定量
圖6.Qubit定量穩定性與精確性對比
訂購信息
產品名稱 | 產品編號 | 規格 |
MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit 磁珠法FFPE DNA提取試劑盒 | 18371ES50 | 50T |
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit for Illumina® DNA 酶切法建庫試劑盒 | 12205ES24 12205ES96 | 24T 96T |
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit for MGI® DNA 酶切法建庫試劑盒 | 13322ES16 13322ES96 | 16T 96T |
Hieff NGS® Stubby UDI Primer Kit for Illumina® UDI接頭 | 12404ES01 12405ES01 12406ES01 12407ES01 | 12×2T 96×2T 192×1T 384×1 T |
Hieff NGS® Unique Dual Index Primer Kit for MGI® Set 1 | 13451ES02 13451ES04 | 48×2 T 48×4 T |
Hieff NGS® Unique Dual Index Primer Kit for MGI® Set 2 | 13452ES02 13452ES04 | 48×2 T 48×4 T |
Hieff NGS® Unique Dual Index Primer Kit for MGI® Set 3 | 13453ES02 13453ES04
| 48×2 T 48×4 T |
Hieff NGS® Unique Dual Index Primer Kit for MGI® Set 4 | 13454ES02 13454ES04 | 48×2 T 48×4 T |
Hieff NGS® DNA Selection Beads 分選磁珠 | 12601ES08 12601ES56 12601ES75 | 5mL 60mL 450mL |
dsDNA HS Assay Kit for Qubit® Qubit試劑 | 12640ES60 12640ES76 | 100T 500T |
1×dsDNA HS Assay kit for Qubit® Qubit預混液 | 12642ES60 12642ES76 | 100T 500T |
Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix，qPCR文庫定量 | 12302ES05 | 500T |
Hieff NGS® Library dilution buffer 文庫稀釋液 | 12303ES50 | 50 mL |
Hieff NGS®Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard 1-6 qPCR標準品 | 12307ES09 | 6×96μL |
