數碼顯微鏡是傳統普通光學顯微鏡與數碼技術融合的顯微鏡系統。根據數據顯示方式不同可分為兩大類：自帶屏幕數碼顯微鏡和采用計算機顯示的數碼顯微鏡。自帶屏幕數碼顯微鏡，又可分為三類，1.臺式數碼顯微鏡；2.便攜式數碼顯微鏡；3.無線數碼顯微鏡；臺式數碼顯微鏡的主要特點是放大倍率相對較高，可以與電子顯微鏡媲美；便攜式數碼顯微鏡追求的是隨處可顯微，講究小巧；無線顯微鏡其應用的是2.4G無線傳輸，追求快捷方便。采用計算機顯示的數碼顯微鏡通過顯微鏡內置或外置的攝像頭將顯微鏡看到的被檢物體圖像傳輸到計算機上，通過計算機上安裝的顯微圖像分析軟件進行追蹤分析，從而獲得一系列有價值的定性定量數據。主要用于微生物鑒定、細胞形態檢查、尿液有形成份分析、纖維細度檢測等方面。具有全自動掃描、圖像分析功能強、拓展性強等諸多特點。

顯微鏡攝像頭，也叫顯微鏡相機、搭配軟件也被稱為顯微圖像分析系統。其是指專門針對顯微鏡開發的一種輸入設備，用于和顯微鏡結合來獲取顯微鏡成像圖像的光學儀器。通過的適配器安放在顯微鏡的三目筒上，并由數據接口與成像設備相連，實現在成像設備中實時顯示樣品圖片的目的。

按照所使用的圖像傳感器來分顯微鏡攝像頭可分為CCD攝像頭和CMOS攝像頭（數字攝像頭和模擬攝像頭）2種。由于顯微鏡攝像頭是一種專門針對微觀世界領域的成像儀器，它可以通過和PC鏈接，或結合專業的圖像處理軟件將顯微鏡觀察到的樣本微觀圖像輸送出來，然后進行測量和研究，這非常有利于研究人員的對被檢物體的分析研究。

顯微鏡照明光路系統的調整是為了使顯微鏡的視野能受到均勻而又充分的照明，在顯微鏡初次安裝和調試時，就必須把照明光路系統調整好，這是正確使用顯微鏡，并獲得正確、可靠結果的重要手段和zui基本的要求。此外，正確掌握照明光路系統的調整，是使用顯微鏡過程中更換光源燈泡后所必經的步驟，也是在日常使用過程中不時地檢驗顯微鏡性能的必要手段。