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PCR技術專題:菌落PCR

2013-11-20  閱讀(1202)

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菌落PCR

標簽: 菌落 PCR

菌落PCR(Colony PCR)可不必提取基因組DNA,不必酶切鑒定,而是直接以菌體熱解后暴露的DNA為模板進行PCR擴增,省時少力。建議使用載體上的通用引物。通常利用此方法進行重組體的篩選或者DNA測序分析。zui后的PCR產物大小是載體通用引物之間的插入片斷大小。

實驗方法

  • 基本方案
實驗方法原理直接挑取菌落進行PCR,PCR的95℃加熱可以破胞,釋放基因組DNA或質粒,成為PCR體系的模板,然后進行鏈式擴增。
實驗材料

基因樣品

試劑、試劑盒

dNTP PCR混合液

儀器、耗材

PCR儀

實驗步驟

1.  PCR混合液的制備


(1)Taq buffer(10×) 180 ul


(2)dNTP(2.5 mM) 20~25 ul


(3)Primer Forward(引物濃度在10 Pmol) 5 ul


(4)Primer Reverse(引物濃度在10 Pmol) 5 ul


(5)ddH2O 147 ul


(6)Taq(2 U/ul) 12~15 ul


2.  常溫下隨機挑選轉化板上的轉化子,用滅菌的牙簽或槍頭挑取單個菌落(強調單個,不能是雙克?。贚B瓊脂糖平板上輕點,做一拷貝。

3.  然后將沾有菌體的牙簽或槍頭置于相應的裝有PCR管中或者96空pcr反應板(管子做好記號,如平板上點的是1#,則管子上也標1#,以便篩選到克隆后的擴到培養)。

4.  挑好單克隆菌落后將之前配制好的PCR混合液加入體系是30 ul。


5.  將混有菌體的PCR混合物置于PCR儀中,按常規條件擴增。


6.  將擴增出來的反應液中加入溴酚藍或是其他染料,電泳檢測是否得到目的片斷。如有則為陽性克隆。


7.  將已經接種有菌落的平板置37℃培養箱培養,使菌落擴增。

8.  次日挑選陽性克隆做進一步篩選或培養。步驟2也可以不點板,直接接種搖菌,如果早上做PCR的話,下午就可以提質粒,得到重組載體。

收起 
注意事項

1.  設計引物很關鍵。一般如果是定向克隆,用載體上的通用引物即可;如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克隆(如單酶切或平末端連接),一條引物用載體,一條引物用目的基因上的,這樣就可以比較方便的鑒定了,而且錯誤概率很低。PCR條件的選擇接近*,同時挑取的菌體不宜太多,否則會有非特異性擴增。


2.  使用的引物濃度不能太高,濃度過高會導致非特異性擴增,反應的循環數也不能太多,一般不超過25個。同時因為擴增的片段的GC含量問題,有的GC含量很低,有的又很高,導致菌落PCR不容易擴增出目的條帶,在此建議在設置PCR程序時以高GC的溫度為上限,每一循環降0.2度左右。

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