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根據(jù)培養(yǎng)基的用途來區(qū)分，可分為選擇培養(yǎng)基、增殖培養(yǎng)基、鑒別培養(yǎng)基等。

  一、選擇培養(yǎng)基在培養(yǎng)基中加入某種物質(zhì)以殺死或抑制不需要的菌種生長的培養(yǎng)基，稱之為選擇培養(yǎng)基。如鏈霉素、氯霉素等抑制原核微生物的生長；而制霉菌素、灰黃霉素等能抑制真核微生物的生長；結晶紫能抑制革蘭氏陽性細菌的生長等。

  二、增殖培養(yǎng)基在自然界中，不同種的微生物常生活在一起，為了分離我們所需要的微生物，在普通培養(yǎng)基中加入一些某種微生物特別喜歡的營養(yǎng)物質(zhì)，以增加這種微生物的繁殖速度，逐漸淘汰其它微生物，這種培養(yǎng)基稱為增殖培養(yǎng)基，這種培養(yǎng)基常用于菌種篩選和選擇增菌中。在某種程度上講，增殖培養(yǎng)基也是一種選擇培養(yǎng)基。

  三、鑒別培養(yǎng)基在培養(yǎng)基中加入某種試劑或化學藥品，使難以區(qū)分的微生物經(jīng)培養(yǎng)后呈現(xiàn)出明顯差別，因而有助開快速鑒別某種微生物。這樣的培養(yǎng)基稱之為鑒別培養(yǎng)基。例如用以檢查飲水和乳品中是否含有腸道致病菌的伊紅美藍培養(yǎng)基就是一種常用的鑒別性培養(yǎng)基。

  有些培養(yǎng)基是具有選擇和鑒別雙重作用。例如食品檢驗中常用的麥康凱培養(yǎng)基是一例。它含有膽鹽、乳糖和中性紅。膽鹽具有抑制腸道菌以外的細菌的作用（選擇性），乳糖和中性紅（指示劑）能幫助區(qū)別乳糖發(fā)酵腸道菌（如大腸桿菌）和不能發(fā)酵乳糖的腸道致病菌（如沙門氏菌和志賀氏菌）。

  另外，根據(jù)培養(yǎng)基的營養(yǎng)成分是否“*"，可以分為基本培養(yǎng)基、*培養(yǎng)基和補充培養(yǎng)基，這類術語主要是用在微生物遺傳學中。根據(jù)培養(yǎng)基用于的目的來區(qū)分，可以分為種子培養(yǎng)基和發(fā)酵培養(yǎng)基。還有專門用于培養(yǎng)病毒等寄生微生物的活組織培養(yǎng)基，如雞胚等；專門用于培養(yǎng)自養(yǎng)微生物的無機鹽培養(yǎng)基等。