實驗室用水在質譜分析中扮演著重要角色。下面以除草劑西瑪津分析為例 ，可以看到空白溶液用水中TOC含量較高時，背景噪聲較高，影響西瑪津的定性和定量檢測。

將上述空白溶液用水替換為Milli-Q^®超純水（低TOC含量），并對奶粉樣品中的雙酚-A進行分析，可以看到背景噪音明顯下降，能夠清楚看到目標檢測物的特征峰，峰形較好且呈現正態分布。管中窺豹，水質對于質譜分析的重要意義可見一斑。

除此之外，水中的離子也會影響質譜分析。比如鈉離子，鉀離子可能會與有機物形成加和物；水中離子污染還可能在ICP-MS中形成多原離子干擾；同時其他污染物比如顆粒，細菌會給質譜等高精密分析設備帶來機械性損傷，導致儀器維護成本增高，增加用戶不必要的支出。