發酵后的E.Coli培養液

用低速大容量冷凍離心機，大容量甩平或角式轉頭（3000~6000rpm,30~15min）或高速連續流轉頭（10000～18000rpm，流量300～600ml/min）

E.Coli菌體沉淀

用溶菌酶破細胞壁

用表面活性劑破細胞膜（如Triton X-100，SDS等）

大部分染色體DNA粘附在膜蛋白上，用一定濃度的鹽溶液（如1 mol NaCl 或1 mol 醋酸鈉）溶解后臺式高速離心機（Eppendorf管10000rpm，10min）或高速冷凍離心機10000～12000rpm×10min，上清中大部分為染色體DNA，沉淀中含質粒DNA，降解的質粒DNA，RNA及蛋白質

在沉淀中加入異丙醇得到粗制的質粒DNA

沉淀中加入TE緩沖液（pH8.0）

粗制DNA在-20℃在重力狀態喜愛沉淀15min以上，高速離心機12000rpm（近15000g）4℃離心5min去上清

用苯酚抽提去蛋白質或用分子篩去蛋白質

用RNA酶降解RNA

真空中抽去異丙醇，溶液中加入TE緩沖液

過柱（聚丙烯酰胺）RNA留柱，質粒DNA過柱

加入E.B及Triton X-100,在CsCl中（預制梯度或平衡等密度離心，自形成梯度）用角轉頭，近垂直轉頭做超速離心（見文獻10）

較純的質粒DNA，但含有5～10%的染色體DNA和降解的DNA片段

剩余的蛋白質上浮，RNA沉淀，染色體DNA在離心管中上部形成區帶，質粒DNA在離心管中下部形成純樣品區帶

密度梯度儀或其他簡易方法從離心管中抽出，經過帶流動池的分光光度計后分部收集，從吸光度峰可以判斷質粒DNA所在的位置

去CsCl，去其他組分得到高純度質粒DNA