瓊脂糖是一種白色或黃色珠狀凝膠顆粒或粉末，為線性的多聚物，基本結構是1,3連結的β-D-半乳糖和1,4連結的3,6-內醚-L-半乳糖交替連接起來的長鏈。
因其有特殊的膠凝性質，尤其有明顯的穩固性、滯度和滯后性，并且易吸收水分，有特殊的穩定效應；已經廣泛使用于食用、醫藥、化工、紡織、國防等領域，據不*統計，瓊脂的用途已有1000多種。
瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。
質量較好的瓊脂強度通常在1200克/cm2以上（1%膠濃度）。瓊脂的凝膠性是由存在的氫鍵所致，凡是能破壞氫鍵的因素都能導致凝膠性的破壞。瓊脂具有親水性，并幾乎*不存在帶電基團，對敏感的生物大分子極少引起變性和吸附，是理想的惰性載體。
在瓊脂制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團，就會造成電內滲（EEO），電內滲對質點的移動產生影響。
質量較好的瓊脂糖硫酸根含量比較低，通常在0.2%以下，電內滲比較小，通常在0.13以下。這也就是瓊脂糖比瓊脂貴那么多的原因了。
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