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水果和水果產品的微生物檢測方法和規范很難確定例如，大腸桿菌0157的暴發是由于蘋果酒引起的，但這種情況出現的幾率很小，而旦使用大腸桿菌計數也不會產生陽 性結果。除非有預先的測試原因，否則這樣的測試十分不合箅。但對于這類產品在必要 時應檢測特定的真菌毒索（如蘋果汁中的棒曲霉毒索）。在無花果干果屮曾檢測到超過 40㎎/kg的黃曲霉毒素

除了檢測已經變質的樣品外，還應檢測有可能變質的水果。檢測的微生物項目依水果品種和儲存方式而定。真菌引起的變質主要有兩種情況：一種是由真正的寄生菌引起 的，它可通過果皮侵人水果組織內部；另一種則是通過水果的 傷口 侵入。后一種真菌也可通過果皮侵入成熟的水果中。

通過水果變質情況的觀察可以判斷真菌的類型：例如青霉菌常常產生藍色或綠色的 霉點（擴展靑霉在梨樹上會出現棕色的霉點，分生孢子在腐爛時會提前出現藍綠色的霉點）；葡萄孢菌產生松軟的灰色霉菌，盤長孢和刺盤孢會引起棉桃腐爛病，在果實表面可見 明顯凹陷的斑點。Fidler等人（1973）對引起梨果腐敗變質的真菌進行了較全面的分析， 如第5章所述，多數霉菌能用顯微鏡進行辨別：刺盤孢和盤長孢生長在植物宿主中，能刺 破保護植物的表皮，萌發出塊狀的分生孢子梗和圓盤狀的分生孢子盤，通過鏡檢可區分刺盤孢和盤長孢的分生孢？。刺盤孢的分生孢子梗上生長著黑色的刺狀突起物，面盤長孢 卻沒冇；兩者的分生孢子都是無色的，呈鐮刀狀、彎月狀、卵狀或圓柱狀。

用透明紙包裝銷售的和已包裝好的水果沙拉極易造成病原菌的傳播。例如，由于西瓜的pH較高（PH 5. 9~6. 7），在高于冷藏溫度下很容易引起沙門氏菌的快速生長