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脂多糖中性溶液在室溫可放置數月，其生物學活性不發生明顯的改變，如置入4℃或低溫冰箱，則其生物學活性可保持數年至數十年不變。干燥的脂多糖中性粉劑，在室溫或冰箱條件下可放置幾十年或更長時間而不失去其生物學活性。
脂多糖在酸性溶液中置室溫，其分子發生部分降解，這一變化主要涉及到多糖與類脂A間糖苷鍵的裂解，及類脂A1-糖苷鍵的裂解，加熱可促進這一反應。強酸溶液在加熱條件下可使脂多糖被破壞。
堿性因素對脂多糖分子的影響較大，主要表現在類脂A分子上。此時類脂A骨架上聯結的4-磷酸酯鍵及3與3位上脂肪酸酯鍵易遭到破壞，可使分子發生裂解。此時降解后的分子便失去了典型的內毒素活性。強堿條件下可使脂多糖被破壞。
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