技術指標： 
1高數據通量：Hiseq2500測序儀運行單端讀取至少可生成300G堿基數據，雙端讀取至少可生成600G堿基數據；在快速運行模式下27h內產生120G數據
2 Hiseq2500測序儀實驗時間：單端讀取4天，雙端讀取8天(根據測序長度略有變化)；
                   快速模式27h
3運行成本：從樣品制備到數據讀取，每測量100萬個堿基對所需成本不高于0.05美元
4數據讀長：單端讀取序列，讀長大于100個堿基；
5雙端讀取序列：高通量模式讀長2x100個堿基；快速模式讀長2x150個堿基
6樣品用量：DNA樣本需要0.1-1微克gDNA或cDNA
7讀取精度：原始數據準確性≥98.5％,3倍覆蓋拼接序列準確性≥99.99%
8可精確讀取≥10個的連續單個重復堿基（如AAAAAAAAAA），準確性≥98.5%
9不同樣品并行性：每次儀器運行可平行分析8個非混合的獨立樣品
10 可開展ChiP-seq、小RNA發現的定量、未知物種測序、轉錄組研究、甲基化研究試劑盒，宏基因組研究、重測序、目標區域重測序。
   
使用范圍： Hi-seq2500主要用途：
1．未知物種基因組的從頭測序
2．已經測序物種的基因組重新測序
3．基因組尺度轉錄組學分析（Transcriptomics）
4．基因表達譜及基因調控研究
5．全基因組小分子RNA（miRNA）分析
6．染色質免疫互沉淀研究（ChIP）
7．多重單核苷酸多型性（SNP）分析
8.甲基化研究
9. 其他表觀遺傳學研究如磷酸化修飾
10.蛋白-DNA相互作用研究
11. 染色體重排研究（缺失，插入等等）